El medio ambiente es catalogado como árido-semiárido, el clima de la comunidad es semiseco templado. La precipitación pluvial, aunque irregular, se presenta entre los meses de marzo a octubre. Los niveles de precipitación son bajos varían de 200 a 500 mm, la temperatura suele ser calurosa.
La superficie de Tlacoyalco se caracteriza por la presencia de fósiles. Los pastores que diariamente conducen el ganado por los cerros han detectado en ellos unas barrancas donde encuentran caracoles, conchas fosilizadas. Según información geológica, a fines del jurásico hubo una inversión de océanos en esta parte del Estado dando como resultado los vestigios petrificados que actualmente existen casi a flor de piso debido a la erosión a la que se hallan sometidos los cerros cercanos al pueblo.
Destacan en el paisaje elevaciones cercanas de la comunidad de San Marcos, como el cerro Tepoxtla con una altura de 2980 msnm, el cerro Cantil con 2800 msnm, el cerro Mogote con 2300 msnm. Predomina el tipo de suelo arenoso reconocido como vertisol y litosol que se caracteriza por su espesor no mayor de 10cm, sobre tepetate. Los principales usos de suelo son destinados al habitacional, agrícola y pastoreo.
La escasez de recursos hidrológicos ha obligado a los pobladores a construir depositos de agua pluvial, también llamado jagüey. Estos han sufragado durante muchos años la falta de agua. La comunidad cuenta con un sistema de canales de riego que se deriva de la Presa de Valsequillo; sin embargo la cobertura resulta insuficiente para la demanda agrícola interna. Las necesidades de la población de agua potable se han solucionado recientemente a través de la perforación de pozos profundos. La localidad de Tlacoyalco esta situada, dentro de la reserva de la Biosfera de Tehuacán-Cuicatlán, que se reconoce por su alto nivel de biodiversidad y endemismo, que la hace una región de prioridad nacional para la protección y conservación de sus recursos naturales: el Gobierno de México decretó la zona en 1998, como reserva de la Biosfera.
Flora y fauna
La vegetación cuenta con ejemplares como: nopales, huizache, órganos, lechugilla, biznaga, sábilas y cactáceas como: viejito, xoconoxtle, hualacates; arboles como: espino pachote, izote, sotol, huaje, pirúl, mezquite.
La fauna consiste en coyotes, tlacuaches, ratón de campo, cacomiztle, caracoles, lagartijas, etc., distribuidos por los cerros y por los campos de labor. Las hormigas y las víboras son las más temidas, al igual que arañas ponzoñosas que abundan en toda la zona, y algunos de estos animales están en riesgo de extinción.
